antechamber -i PC_McPC603_q0.pdb -fi pdb -o tmp.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c bcc -ek 'maxcyc = 10' -at sybyl -rn PCh -rf PCh -pf y
antechamber -i sqm.pdb -fi pdb -o PCh.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c bcc -ek 'maxcyc = 0' -at sybyl -rn PCh -rf PCh -pf y
babel -imol2 PCh.mol2 -opqr PCh.pqr

antechamber -i XCF_q0.pdb -fi pdb -o tmp.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c bcc -ek 'maxcyc = 10' -at sybyl -rn XCF -rf XCF -pf y
antechamber -i sqm.pdb -fi pdb -o XCF.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c bcc -ek 'maxcyc = 10' -at sybyl -rn XCF -rf XCF -pf y
babel -imol2 XCF.mol2 -opqr XCF.pqr

antechamber -i TOP_q0.pdb -fi pdb -o tmp.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c bcc -ek 'maxcyc = 10' -at sybyl -rn TOP -rf TOP -pf y
antechamber -i sqm.pdb -fi pdb -o TOP.mol2 -fo mol2 -nc 0 -c bcc -ek 'maxcyc = 0' -at sybyl -rn TOP -rf TOP -pf y
babel -imol2 TOP.mol2 -opqr TOP.pqr

antechamber -i DHF_q-2.pdb -fi pdb -o tmp.mol2 -fo mol2 -nc -2 -c bcc -ek 'maxcyc=10 peptide_corr=1' -at sybyl -rn DHF -rf DHF -pf y
antechamber -i sqm.pdb -fi pdb -o DHF.mol2 -fo mol2 -nc -2 -c bcc -ek 'maxcyc = 0' -at sybyl -rn DHF -rf DHF -pf y
babel -imol2 DHF.mol2 -opqr DHF.pqr
